故事围绕着位于华盛顿海军基地特区外地办事处的一个虚构的海军刑事调查小组展开，结合军事和刑侦探案的元素，主要讲述了美国海军罪案调查处探员们的日常生活。 无论是调查谋杀还是间谍活动，NCIS都会走向全球，寻找通过海军或海军陆战队的联系解决所有犯罪。在空军一号上，一名海军指挥官突然离奇死亡。由于管辖权问题，海军罪案调查处的吉布斯不得不与一名特勤局特工共同调查此事。 虽然指挥官的死最初被认为是一场悲剧事故，但NCIS最终还是发现了证据，表明他实际上是被人谋杀，而这很可能与对总统的暗杀企图有关。